Sporting

Selepas mengikuti akademi bersama kelab tempatan iaitu FC Porto, João Mário berpindah ke Sporting Lisbon pada tahu 2004 semasa berusia 11 tahun. Pada 14 Disember 2011, beliau telah dipanggil untuk menghadapi aksi peringkat kumpulan Liga Europa menentang Lazio bersama dengan pemain-pemain muda yang lain seperti Betinho, Ricardo Esgaio, Tiago Ilori dan João Carlos. Hal ini kerana skuad Lions sememangnya telah mengesahkan tempat ke peringkat kalah mati. Beliau menggantikan Oguchi Onyewu pada minit ke-76 permainan dan perlawanan berkesudahan Sporting tewas 2-0.[3]

João Mário beraksi dalam musim pertamanya ialah sewaktu kempen 2012–13 apabila beliau beraksi dalam 31 perlawanan untuk Sporting Lisbon B dalam Segunda Liga. Pada 8 Januari 2014, beliau telah dipinjamkan ke Vitória untuk diberi peluang bagi beraksi dalam saki baki kempen.[4] Beliau telah diundi sebagai pemain muda terbaik buat bulan Januari dan Februari.[5]

Pada 31 Mei 2015, João Mário beraksi semula bersama skuad Sporting dan telah berpeluang beraksi dalam perlawanan akhir Piala Portugal menentang Braga. Namun, beliau telah dikeluarkan pada minit ke-21 setelah Cédric Soares dibuang padang sekali gus memaksa jurulatih untuk membawa masuk Miguel Lopes bagi mengukuhkan benteng pertahanan. Sporting akhirnya menang dalam penentuan penalti.[6][7]

Inter Milan

Pada 27 Ogos 2016, João Mário melakukan perpindahan ke kelab Serie A, Inter Milan dengan perpindahan yang bernilai €40 juta bersama bonus €5 juta.[8][9] Kemunculang sulungnya di Serie A hadir pada 11 September apabila beliau beraksi sehingga masa penuh ketika menewaskan Pescara 2–1.[10][11] Sementara itu, beliau menjaringkan gol pertamanya di Inter pula pada 16 Oktober ketika menentang Cagliari.[12]

Di bawah kendalian pengurus baru Luciano Spalletti, João Mário kurang diberi peluang untuk meraih minit permainan yang lebih.[13][14] Pada 25 Januari 2018, beliau telah dipinjamkan ke kelab yang beraksi di Liga Perdana Inggeris, West Ham United[15] Kontrak beliau termasuk bayaran €1.5 juta secara pinjaman berserta pilihan untuk membawa masuk pemain itu dengan bayaran sebanyak €40 juta.[16] Beliau telah melakukan penampilan sulungnya dua hari kemudian dengan menggantikan Pablo Zabaleta pada separuh masa ketika menentang Wigan Athletic dalam pusingan keempat Piala FA Inggeris.[17]

João Mário menjaringkan gol pertamanya untuk West Ham pada 31 Mac 2018 dengan membantu pasukannya menewaskan Southampton 3–0.[18] Beliau telah beraksi dalam 14 perlawanan kompetitif dan menjaringkan dua gol. Kariernya di West Ham telah dipuji dengan meluas.[19]

Pada 27 Ogos 2019, João Mário menyertai kelab Rusia, Lokomotiv Moscow secara pinjaman dalam tempoh jangka panjang.[20][21]